Najważniejszą częścią Pawilonu Józefa Czapskiego jest stała ekspozycja opowiadająca o jego życiu i twórczości, autorstwa Krystyny Zachwatowicz. Pozwala ona na prześledzenie, poza biografią artysty, niemal całej historii Polski – i w mniejszym zakresie Europy XX wieku – której Czapski był uczestnikiem, a później świadkiem. Komentarzem do wydarzeń będących udziałem Józefa Czapskiego są wybrane teksty z jego dzieł. Ekspozycja łączy tradycyjną dla muzeów formę eksponowania, w której najistotniejsze są autentyczne obiekty, a w przypadku pisarzy i malarzy ich dzieła, z wykorzystaniem nowoczesnego sprzętu multimedialnego pozwalającego m.in. na zapoznanie się z materiałami archiwalnymi.
Znajduje się tam także odwzorowany w skali 1:1 pokoik artysty z Maisons-Laffitte, w którym mieszkał przez ponad 40 lat, “przeniesiony” z Francji wraz z całym oryginalnym wyposażeniem: meblami, pamiątkami, księgozbiorem, a nawet drzwiami i oknami.
Na pierwszym piętrze znajduje się sala wystaw czasowych oraz niewielka sala projekcyjno-edukacyjna.
Na parterze budynku znajduje się czytelnia z podręczną biblioteką, zawierająca księgozbiór związany tematycznie z artystą oraz stanowiska pozwalające na zapoznanie się ze zdigitalizowanym archiwum Józefa Czapskiego, a także urządzona we francuskim stylu kawiarnia. Będą tu organizowane wykłady na temat malarstwa, literatury polskiej w kraju i na emigracji po II wojnie światowej, a także spotkania poświęcone wybitnym postaciom polskiej literatury i polityki.
Dla zwiedzających udostępniono także taras, z którego roztacza się niezwykły widok na całe Muzeum im. Emeryka Hutten-Czapskiego i położone wewnątrz kwartałów ogrody sąsiadujących kamienic.
Wsparcie przy budowie Pawilonu udzielone z funduszy norweskich i funduszy EOG, pochodzących z Islandii, Liechtensteinu i Norwegii, oraz środków krajowych.