Muzeum nie przetrwało jednak powstania listopadowego, w 1831 roku – po emigracji księcia Adama Jerzego Czartoryskiego – zbiory zostały przewiezione do Paryża. Powróciły do Polski dopiero w 1876 roku, w związku z planowanym otwarciem muzeum w Krakowie. Znaczące straty dla kolekcji przyniosła II wojna światowa. Po wojnie muzeum trafiło pod opiekę Muzeum Narodowego w Krakowie, a w 1991 pod zarząd Fundacji Książąt Czartoryskich.
29 grudnia 2016 roku, dzięki zakupowi rządu RP, kolekcja książąt Czartoryskich stała się integralną częścią Muzeum Narodowego w Krakowie. 20 grudnia 2019 roku Muzeum Książąt Czartoryskich zostało ponownie otwarte dla zwiedzających.
(oprac. na podstawie tekstów Katarzyny Płonki-Bałus, Mateusza Chramca, Natalii Koziary, Muzeum Książąt Czartoryskich)